Gentoo Linux ist eine quellbasierte Metadistribution. Dies bedeutet, dass Programm-Pakete nicht in einer binären Form installiert werden, sondern selbst aus dem Quellcode übersetzt (kompiliert) werden. Das System ist dadurch individuell konfigurierbar.
Durch die sogenannten USE-Flags können den einzelnen Paketen jeweils Features hinzugefügt oder entfernt werden. Zusätzlich können die Pakete so kompiliert werden, dass sie für die verwendete Ziel-Hardware angepasst sind.
Auf diese Weise ist es möglich, ein für den eigenen Anwendungszweck hochoptimiertes System zu konfigurieren.
Die Paketverwaltung von Gentoo („Portage“) kann jederzeit aktualisiert werden. Neue Paketversionen werden kompiliert und ins System eingefügt. Die üblichen Release-Zyklen einer „normalen“ Distribution entfallen bei Gentoo, die Versionsstände gehen fließend ineinander über.
Gentoo bietet mit seinen vielfältigen Möglichkeiten alle Freiheiten und Möglichkeiten, ist aus dem selben Grund allerdings nur für fortgeschrittene Anwender empfehlenswert.